Trong The Legend of Zelda: Twilight Princess, Link là một người nông dân sống cùng năm người bạn. Tất cả bọn họ bị quái vật cưỡi lợn rừng bắt cóc, và Link cũng bị đưa đến Twilight Realm. Khi sắp bị giết, Link biến thành một con sói nhờ vào Triforce, nhưng lại bị giam giữ tại lâu đài Hyrule. Tại đây, anh gặp Midona và Princess Zelda, và phát hiện ra rằng Twilight Kingdom thực chất chính là Hyrule, nơi đã bị Xanto, vua của bóng tối, chinh phục. Từ đó, Link bắt đầu hành trình đi khắp vương quốc để tìm những viên ngọc ánh sáng nhằm giải phóng thế giới khỏi ách thống trị của bóng tối. Trong cuộc phiêu lưu, Link nhận được những sức mạnh mới như khả năng biến hình thành sói giúp tăng cường giác quan, trò chuyện với động vật và dịch chuyển tức thời. Hệ thống chiến đấu trong game cũng được cải tiến, cho phép Link sử dụng kiếm khi đang chạy hoặc cưỡi ngựa. Twilight Princess mang phong cách đồ họa hoàn toàn khác biệt so với phần trước là The Wind Waker, chuyển sang cel-shading sang phong cách thực tế hơn.