The Legend of Zelda : The Wind Waker diễn ra vài trăm năm sau các sự kiện của Ocarina of Time và Majora's Mask. Vương quốc Hyrule đã bị nhấn chìm bởi biển cả và giờ chỉ còn là một quần đảo giữa đại dương bao la. Người chơi nhập vai Link, một cậu bé hậu duệ của Heroes of Time (Link trong các phần trước). Vào ngày sinh nhật thứ mười hai của mình, chị gái Arielle bị một con chim khổng lồ bắt cóc. Link lên đường cứu chị, cùng đồng hành với Tetra, một cô cướp biển trẻ. Họ lần dấu vết của con chim đến Cursed Fortress, nhưng Link bị con chim khổng lồ quăng xuống biển. Cậu tỉnh dậy trên một con thuyền có khả năng nói chuyện với con người, Red Lion, và phát hiện ra rằng Ganondorf bắt cóc các cô gái để tìm hậu duệ của Zelda nhằm thống nhất ba Tam Giác Vàng của Triforce. Link phải tìm kiếm Excalibur và truyền toàn bộ sức mạnh của mình để đánh bại kẻ thù. Trong The Wind Waker, người chơi sẽ di chuyển trên Red Lion giữa các hòn đảo khác nhau của Hyrule để hoàn thành nhiệm vụ. Ocarina được thay bằng Staff of the Wind, một loại sáo mà Link phải thổi những giai điệu để thay đổi hướng gió, giúp Red Lion di chuyển. Link cũng nhanh hơn, có thể bò, bám dây và thực hiện các combo chiến đấu tốt hơn. Thiết kế trò chơi cũng hoàn toàn khác biệt, với đồ họa cel-shading và một vũ trụ rất hoạt hình, màu sắc rực rỡ.